Moleküler Mekanik ortamda Moleküler Dinamik simülasyonları
Proteinlerde allosterik iletişim ağı
Moleküler düzeyde proteinlerin yapısı, dinamiği ve işlevi
Makromoleküllerin konformasyonel istatistiği
Kaba ölçekli modelleme: Elastik ağ modeli
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı
Araştırma Durumu
Araştırma faaliyetlerim Moleküler Dinamik simülasyon tekniklerini kullanarak, proteinlerin dinamik yapısını anlamak ve allosterik iletişim ağının aydınlatılması konularına yoğunlaşmıştır. Son üç yıldır yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir TÜBİTAK projesinde (2019’dan beri), glikolitik enzimlerin allosterik özelliklerini, tahmin algoritmaları ve elastik ağ modeli gibi teorik modeller yardımıyla aydınlatmaya çalışıyoruz. 2022 Mart ayında başlayan yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir başka TÜBİTAK projesinde ise, protein-protein arayüzey bölgelerini makine öğrenme teknikleri yardımıyla tahmin edecek bir hesaplamalı yöntem geliştiriyoruz. Bu projede, özellikle hücre zarına gömülü ve sitoplazmadaki proteinler için farklı deskriptörlerin geliştirilmesinin önemi vurgulanmaya çalışılmaktadır. Bunun yanı sıra, bilgisayar destekli ilaç tasarım çalışmalarında kullanılan doking ve farmakofor yöntemleri yardımıyla, ilaç yeniden işlevlendirme çalışmalarını yürütmekteyim.
Paylaş:
Kadir Has Üniversitesi kurumsal web sitesi iyi bir kullanıcı deneyimi sunabilmek adına çerezleri (cookie) kullanmaktadır. (Çerez Politikası) Kişisel verilerin korunması kanunu kapsamındaki KVKK metnimize buradan ulaşabilirsiniz.
This website uses cookies to improve your experience while you navigate through the website. Out of these, the cookies that are categorized as necessary are stored on your browser as they are essential for the working of basic functionalities of the website. We also use third-party cookies that help us analyze and understand how you use this website. These cookies will be stored in your browser only with your consent. You also have the option to opt-out of these cookies. But opting out of some of these cookies may affect your browsing experience.
Necessary cookies are absolutely essential for the website to function properly. This category only includes cookies that ensures basic functionalities and security features of the website. These cookies do not store any personal information.
Any cookies that may not be particularly necessary for the website to function and is used specifically to collect user personal data via analytics, ads, other embedded contents are termed as non-necessary cookies. It is mandatory to procure user consent prior to running these cookies on your website.