Akten Araştırma Laboratuvarı

Koordinatör

  • Prof. Dr. E. Demet Akten Akdoğan

Proje Ekibi

  • Aslı Yüksek (Lisans 4. sınıf)
  • Batuhan Yıkınç (Lisans 4. sınıf)
  • İrem Nayir (Lisans 4. sınıf)
  • Defne Alnıgeniş (Lisans 3. sınıf)
  • Vahap Gazi Fidan (Lisans 3. sınıf)

Araştırma Konuları

  • Moleküler Mekanik ortamda Moleküler Dinamik simülasyonları
  • Proteinlerde allosterik iletişim ağı
  • Moleküler düzeyde proteinlerin yapısı, dinamiği ve işlevi
  • Makromoleküllerin konformasyonel istatistiği
  • Kaba ölçekli modelleme: Elastik ağ modeli
  • Bilgisayar destekli ilaç tasarımı

Araştırma Durumu

Araştırma faaliyetlerim Moleküler Dinamik simülasyon tekniklerini kullanarak, proteinlerin dinamik yapısını anlamak ve allosterik iletişim ağının aydınlatılması konularına yoğunlaşmıştır. Son üç yıldır yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir TÜBİTAK projesinde (2019’dan beri), glikolitik enzimlerin allosterik özelliklerini, tahmin algoritmaları ve elastik ağ modeli gibi teorik modeller yardımıyla aydınlatmaya çalışıyoruz. 2022 Mart ayında başlayan yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir başka TÜBİTAK projesinde ise, protein-protein arayüzey bölgelerini makine öğrenme teknikleri yardımıyla tahmin edecek bir hesaplamalı yöntem geliştiriyoruz. Bu projede, özellikle hücre zarına gömülü ve sitoplazmadaki proteinler için farklı deskriptörlerin geliştirilmesinin önemi vurgulanmaya çalışılmaktadır. Bunun yanı sıra, bilgisayar destekli ilaç tasarım çalışmalarında kullanılan doking ve farmakofor yöntemleri yardımıyla, ilaç yeniden işlevlendirme çalışmalarını yürütmekteyim.