Akten Araştırma Laboratuvarı

Araştırma faaliyetlerim Moleküler Dinamik simülasyon tekniklerini kullanarak, proteinlerin dinamik yapısını anlamak ve allosterik iletişim ağının aydınlatılması konularına yoğunlaşmıştır. Son üç yıldır yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir TÜBİTAK projesinde (2019’dan beri), glikolitik enzimlerin allosterik özelliklerini, tahmin algoritmaları ve elastik ağ modeli gibi teorik modeller yardımıyla aydınlatmaya çalışıyoruz. 2022 Mart ayında başlayan yürütücülüğünü yapmakta olduğum bir başka TÜBİTAK projesinde ise, protein-protein arayüzey bölgelerini makine öğrenme teknikleri yardımıyla tahmin edecek bir hesaplamalı yöntem geliştiriyoruz. Bu projede, özellikle hücre zarına gömülü ve sitoplazmadaki proteinler için farklı deskriptörlerin geliştirilmesinin önemi vurgulanmaya çalışılmaktadır. Bunun yanı sıra, bilgisayar destekli ilaç tasarım çalışmalarında kullanılan doking ve farmakofor yöntemleri yardımıyla, ilaç yeniden işlevlendirme çalışmalarını yürütmekteyim.